Die Hopi sind in matrilinearen Clans organisiert. Matrilinear bedeutet hier, dass sich die Mitglieder eines bestimmten Clans jeweils in ihren mütterlichen Ahnenlinien auf einen gemeinsamen Vorfahren beziehen, dessen Spur meist bis in die mythologische Vorzeit hineinreicht. D.h., die mütterliche Abstammungslinie ist die entscheidende und bestimmt die traditionellen Wurzeln. Es gibt 34 Clans (die bedeutendsten Clans sind: Feuer-Clan, Bären-Clan, Dachs-Clan, Bogen-Clan, Papageien-Clan, Adler-Clan, Spinnen-Clan, Wasser-Clan, Schlangen-Clan, Flöten-Clan, Coyote-Clan, Kürbis-Clan und Schwarzsamen-Clan) und etwa 12 Zeremonialgesellschaften. Letztere werden aus verschiedenen Clans gebildet und haben vor allem ihre speziellen Aufgaben in der Erfüllung der jahreszeitlichen Zeremonien und damit in der spirituellen Aufrechterhaltung des Gleichgewichtes zwischen den Menschen und der großen Schöpfung.

Ein Clan besteht aus mehreren Familienverbänden und wird als Großfamilie betrachtet. Die traditionelle Leitung der Dörfer liegt in den Händen der verschiedenen Anführer der Clans und Zeremonialbünde, unter dem Vorsitz des Dorfoberhauptes. Jeder Clan hat seine eigene alte Tradition und Geschichte. Damit verbunden sind auch verschiedene zeremonielle Aufgaben im Laufe des traditionellen Jahresfestkreises, die jeweils nur von einem bestimmten Clan durchgeführt werden dürfen. Ebenso verhält es sich mit dem Hüten und Bewahren bestimmter alter spiritueller und ritueller Gegenstände, die traditionell jeweils innerhalb der Clans der Mütter weitergegeben werden. (z.B. die 4 heiligen Steintafeln, siehe bei Mythen und Legenden).

Hochzeiten werden innerhalb eines Clans nicht gestattet, da ein Clan in ihrer Vorstellung eine Art große Familie darstellt und ihre Mitglieder den Status von Geschwistern einnehmen. Gleichzeitig werden dadurch die Blutsverbindungen und verwandschaftlichen Bande unter den Clans gefördert, was natürlich noch zu einer größeren Verbundenheit und Identifikation untereinander führt. Nach der Heirat zieht der Ehemann in das Dorf seiner Frau, um dort zu leben (matrilokal).

Der Clan der Mutter, beziehungsweise der Frau, ist immer der bedeutendere und verlangt großen Respekt und Verehrung. Die Frauen übernehmen von ihren Müttern die entsprechenden traditionellen und rituellen Aufgaben, die dann von ihnen wiederum an ihre Töchter weitergegeben werden. Die Aufgabe des Vaters besteht vor allem im Schutz und in der Ernährung der Familie. Ausserdem obliegt ihm die Namensgebung für die Kinder. Auf diese Art und Weise wird jedes Hopi-Kind durch die Geburt schon in ein dichtes Netz von Familienverbindungen und Traditionen hineingeboren, was somit auf vielfältige Weise die existentielle Sicherheit und Aufgehobenheit jedes Stammesmitglieds gewährleistet.